El "castillo roquero" que domina la población de Arnedo - hoy en total ruina - fue sin duda parte del baluarte defensivo del valle del Cidacos, integrado también por los de Enciso, Prégano, Arnedillo, Herce, Quel y Autol.

Estas fortalezas se edificaron en las zonas de frontera entre cristianos y musulmanes poseyendo restos de época árabe (siglos IX-X) y cristiana (siglo XII). En tiempos anteriores a la reconquista, perteneció a la familia muladí de los Banu Qasi quienes pudieron haber reconstruIdo el castillo sobre una hipotética fortaleza romana anterior, desempeñando desde entonces un importante papel en las luchas de conquista y reconquista.

El lugar debió fortificarse desde época romana para proteger la comunicación entre las calzadas romanas que unían Calahorra con Numancia y Contrebia-Leukade con Varea. Varios túneles o minas atraviesan el subsuelo de Arnedo.

En la Edad Media, Arnedo estuvo rodeado por una muralla que a fines del s. XIII o comienzos del XIV se amplió con dos arrabales en la Puerta del Royo y en la c/ Terradillos, del que se conserva la puerta del Cinto o de Nuestra Señora de las Nieves, con dovelas de sillería que forman un arco apuntado del primer gótico. En el s. XVI la población rebasó la muralla que se desmoronó poco a poco. La destrucción del castillo ha sido más lenta al producirse por sí misma.

Las abundantes cuevas artificiales de época altomedieval de los cerros de San Miguel, Castillo y San Fruchos, El Raposal, Los Planos, Cienta y Vico fueron utilizadas como eremitorios de tradición altomedieval que pudieron ser habitadas por anacoretas anteriormente a la invasión musulmana.

Al llegar los pueblos bárbaros en el s.III algunos pobladores autóctonos pudieron huir desde los valles a los montes, escondiéndose en estas cuevas.

Estas cuevas-eremitorios, donde los monjes colocarían las reliquias de sus difuntos - aspecto religioso avalado también por la toponimia - fueron utilizadas como columbarios cristianos de época tardoantigua.